Inquisitio unum ex obscurissimis capitibus historiae Ecclesiae Catholicae est, atque inter argumenta maxime controversa et male intellecta manet. Saeculo XIII instituta, Inquisitio orthodoxiam servare et haeresim impugnare intendebat, sed multis in casibus in abusus potestatis, iudicia iniusta et tormenta degeneravit. Ecclesia per saecula hanc historiae suae aetatem explicare et in contextu ponere contendit, sed vocabulum «inquisitio» adhuc intolerantiae et persecutionis synonymum manet.
Contextus Historicus: Inquisitio eo tempore orta est quo haeresis non solum tamquam error theologicus, sed etiam tamquam comminatio ordini sociali et unitati politicae habebatur. Ecclesia credebat puritatem fidei tueri ad salutem animarum necessarium esse, atque hoc rationem praebere methodorum quas hodie inacceptabiles iudicamus. Etsi Inquisitio non exclusive catholica fuit — in quibusdam regionibus inquisitio protestantium quoque exstitit — usus tormentorum et suppliciorum capitalium imaginem Ecclesiae graviter maculavit.
Causa Galilaei Galilaei: Iudicium Galilaei illustre exemplum contentionum inter Ecclesiam et scientiam est. Galilaeus damnatus est quod theoriam heliocentricam Copernici sustinebat, quae Terram circa Solem revolvi affirmabat. Etsi hodie Ecclesia harum theoriarum validitatem agnoscit, damnatio Galilaei symbolum facta est praesumptae oppositionis Ecclesiae adversus progressum scientificum. Anno 1992, Ioannes Paulus II Papa publice declaravit Ecclesiam in hac causa erravisse, ita reconciliationem cum cogitatione scientifica conans.